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http://scc.bookzone.com.tw...asp?ser=934新加坡基因体研究所根据自行解出的5条SARS病毒的序列,并纳入其他国家日前公布的9条序列进行分子亲缘比对,以了解目前病毒突变的状况,更藉此想找出病毒的来源。
自四月中加拿大科学家率先发表SARS病毒基因序列以来(详见Sciscape新闻—SARS病毒基因解码),其他SARS研究团队也陆续公布自己国内的SARS病毒序列,台湾则是由台湾大学于数日前公布台湾第一条完整的SARS病毒序列。在这些研究团队中,以新加坡基因体研究所的研究进度最为迅速,他们不但自行解出五条不同SARS患者的病毒序列,并且完成与其他团队发表之病毒序列的比对分析工作。
目前NCBI网站上已经公布有14条SARS病毒完整序列(新加坡5条、香港2条、中国5条、美国1条、加拿大1条),新加坡的科学家针对这已知的14条序列进行比对,期望从序列的变异程度得到一些讯息。科学家初步分析发现在这14条序列中只有127个位置发生核甘酸变异,而其中94个造成胺基酸改变,突变数目不到整个病毒序列的0.5%。在这127个变异位置只有16个位置的变异存在两条以上的序列,这表示多数的核甘酸变异属于病毒自发性的突变,因此科学家只利用这16个变异位置来分析病毒演化的亲缘关系。科学家在比对这几个关键的变异位置中认为这14条序列可以被分为两种基因型,其中一种包含新加坡5条、香港1条、美国1条、加拿大1条共8条序列,这8个患者SARS目前已经知道与香港九龙京华酒店的传染有关,都是被一名来自广东的旅客所感染;至于另外6条的来源则集中于中国的北京与广东。科学家根据分子标记与流行病学的研究结果均共同指向广东就是这次SARS传染的发源地。
至于我们担心病毒是否快速变异这件事,科学家根据分析结果认为病毒应该已经适应与人类共存的环境,因此短时间内病毒应该不会有病毒变种产生,不过对于已知的127个变异对于病毒的功能是否有影响,科学家认为还需要再深入探讨。对于「病毒未快速变异」这件事,科学家觉得有如双刃剑有好有坏,在坏的一方面是我们不能期望病毒会因为突变导致毒性减弱而降低死亡率,但是好的一面是科学家发展的疫苗将不用担心病毒快速突变而失去效用。
从SARS病毒发现至今不过一个多月,相关的研究工作已如火如荼的展开中,虽然所有的基因序列已被解出,但是想了解每个基因所表现蛋白的功能,看来还有很长的路要走。
原始论文
Ruan YJ et al. Comparative full-length genome sequence analysis of 14 SARS coronavirus isolates and common mutations associated with putative origins of infection. The Lancet, Published online May 9,
http://image.thelancet.com/...4454web.pdf (2003)
--参考来源:
The Lancet: Comparative analysis of the SARS coronavirus genome: a good
Science: Hungry for Details, Scientists Zoom In on SARS Genomes