药物治疗

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Danazol & GnRH agonist (Zoladex)对缓解子宫内膜异位症的疼痛有不错的效果。药物能使病灶组织的活跃性降低并使之缩小。当病灶小于5-6mm时，腹腔液对此病灶有控制、调节的作用。因此，如何保持病灶在一定的小范围内，使疼痛得到长时期的缓解，是药物治疗子宫内膜异位症的一个重要观念。但值得一提的是，此疼痛症状于停药一年以上再复发的机会很高。手术治疗在子宫内膜异位症仍占重要的地位。术前以药物－Zoladex (3.6 mg/Month) or Danazol (400mg/Day) 治疗三个月，可使病灶的血流减少有利病灶的切除。不宜动手术的患者，可用药物治疗6-12个月，再持续间隔治疗之。
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手术治疗

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完全而彻底的将所有病灶切除虽然费时，但对于子宫内膜异位症的治疗非常重要。因为将病灶完全而彻底的切除可使复发的机会大大的降低，80%的疼痛患者可达五年以上的缓解，怀孕率达67% 以上。为使病灶能达到完全而彻底的切除，有时必须切去部份肠道、肠壁、或输尿管。因此，手术前的备肠很重要。切除手术中不能光靠裸视就能判断病灶的深度及范围，用腹腔镜二氧化碳雷射刀切除病灶可减少出血，用剪刀切除病灶可运用好的触诊。用腹腔镜二氧化碳雷射刀切除病灶时，不要用热凝术或气化术。手术若安排在经期中，有利深层病灶侵犯范围的确定，增进治疗效果。各方研究指出，子宫内膜异位症是一种与免疫学关系密切而又非局部性的免疫疾病，因此用免疫调节治疗法来治疗子宫内膜异位与不孕症将是明日之星。