非洲地区卫生环境普遍不佳，再加上气候变暖造成各类流行性传染病大肆蔓延，较常见为爱滋病、疟疾、霍乱、登革热、黄热病、痢疾、伤寒、脑脊髓膜炎及肺结核等疾病，出国前应事先做好抗体疫苗注射及准备相关预防药品。前往疟疾流行地区，应于出发前三周开始服用抗疟药物，返国后三周内仍宜继续服用；若干国家并规定须持有注射黄热病之黄皮书证明文件方可入境。 其他应注意之卫生事项：

（一） 应特别注意饮食卫生，避免食用未煮熟食品及饮用生水。
（二） 南非东部及北部地区河水中有寄生虫，不宜游泳及戏水。
（三） 非洲国家气候干炎热，应适当补水份。
（四）布吉纳法索有脑脊髓膜炎W135型疫情，欲前往该国者请施打W135型疫苗。